Примаков вызвал в Белый дом директора ФСБ В.Путина. Поговорили о текущем моменте, о каких-то проблемах, ну, в общем, о чем премьер и директор ФСБ обычно беседуют. И в конце Евгений Максимович неожиданно попросил организовать прослушку лидера «Яблока» Григория Явлинского. Владимир Владимирович сильно удивился. И сказал, что это недопустимо. Явлинский – лидер крупной депутатской фракции в Думе, политический деятель. Втягивать ФСБ в политическую слежку – это неправильно, вредно, а главное – незаконно. И неважно, кто его будет просить об этом, премьер или президент, он этого делать не будет. И он готов уйти со своего поста, если кто-то считает его позицию неприемлемой.
В.Путин после этого разговора приехал к главе администрации В.Юмашеву и рассказал об этом. А потом на ближайшей встрече с президентом, он доложил свою позицию Ельцину, повторил, что прослушивать Явлинского считает недопустимым. Ельцин выслушал, возмутился, сказал, что Путин был прав. И история на этом вроде бы забылась.
Но Евгений Максимович не успокоился. Через пару месяцев он резко поставил вопрос перед Ельциным об увольнении Путина с поста директора ФСБ. Причина – разгром профессиональных кадров в ФСБ. Лучших чекистов увольняют, а на их места приглашаются непрофессионалы, которые занимают все руководящие должности. Ельцин выслушал, сказал, что ему нравится, как работает Путин, это его вопрос, и он сам во всем разберется. Потом вызвал Путина, получил от него объяснения. Выяснилось, что картина, которую нарисовал премьер, мало соответствует действительности. Большая часть замов, как работала, так и продолжала работать. Вскоре в этом же убедился и сам Е.Примаков. Владимир Владимирович попросил премьер-министра встретиться с руководством ФСБ, и на этой встрече выяснилось, что большая часть замов все те же, кого Евгений Максимович отлично знал.