Избирком одобрил инициативу КПРФ провести референдум по памятнику Дзержинскому в Москве

В 1995 г. Станкевич попал у президента в опалу. По некоторым сведениям, причиной стала его активность, направленная на выдвижение кандидатуры мэра Санкт-Петербурга А. А. Собчака на выборах 1996 г. в президенты Российской Федерации[3]:
«ставка на 1996 год делалась на Собчака — юрист, профессор, оптимальный возраст, разносторонний опыт, руководит вторым по значению городом»[4].
В апреле 1995 года Генеральная прокуратура сделала запрос в Госдуму о привлечении депутата Станкевича к уголовной ответственности. Госдума ответила отказом. В ноябре 1995 г. вместе с семьёй покинул Россию. Проживал недолго в США, а затем в Польше. Занялся бизнесом. 27 февраля 1996 года московская прокуратура выдала санкцию на арест Сергея Станкевича. Он был объявлен в международный розыск. В 1996–1999 годах жил в Польше.
В 1997 году задержан польскими властями, провёл около месяца за решёткой (в той самой тюрьме, в которой ранее сидел Ф. Э. Дзержинский, памятник которому Станкевич демонтировал[5]). В защиту Станкевича выступили видные польские политики и публицисты. Польский суд в марте 1998 года отказал в экстрадиции его в Россию. В январе 1999 года получил от польских властей статус политического эмигранта, обеспечивающий ему свободное пребывание в Польше. 27 ноября 1999 года все обвинения против Станкевича были сняты, и вскоре он вернулся из эмиграции в Россию. Несколько ранее в Россию из эмиграции вернулся и А. А. Собчак.