Первый прототип самолета (заводское обозначение — изделие «Е») был построен на Таганрогском авиазаводе № 86 им. Г. М. Димитрова в начале 1960 года. Первый взлет с водной поверхности крылатая машина выполнила 18 октября, а с аэродрома — 2 ноября.
9 июня 1961 года самолет-амфибия был представлен в Москве на празднике в Тушино. А 9 июля 1967 года тройка Бе-12 участвовала в юбилейном воздушном празднике в Домодедово, посвященном 50-летию Великой Октябрьской социалистической революции.

«Чайка». Непрерванный полёт